Como gran conclusión: traten de usar UTF-8 como CHARSET donde sea posible, y si quieren tener velocidad vayan por utf8_general_ci como COLLATION pero si quieren tener certeza de que todo está bien ordenado y que sea compatible con (casi) todos los idiomas del mundo ocupen utf8_unicode_ci.
http://blog.unreal4u.com/2012/08/sobre-collation-y-charset-en-mysql/